El Departamento de Ornitología ha realizado numerosos proyectos en colaboración con Museos de Historia Natural, ONGs y/o Universidades a nivel local, nacional y mundial. En la década de los 80's y 90's el financiamiento parcial provino principalmente del CONCYTEC. Además, hemos trabajado de modo cercano a instituciones del estado como los Ministerios de Pesca y Caza, INRENA, INIA, SERNANP, PROFONANPE, MINAN entre otros y colaboramos como contraparte en los proyectos a los que nos convocan.

• “Importancia de las aves insectívoras en el control de insectos plaga: cultivos de vid y palto” (2010)
• “Importancia de las aves insectívoras en el control de insectos plaga: cultivos de espárrago” (2009)
• “Impacto de los Agroecosistemas sobre la biodiversidad de los desiertos del Perú central” (2008)
• “Monitoreo de la biota en el rodal de Puya raimondii del Parque Nacional Huascarán, Ancash” (2007)
• “Ecología de especies invasoras en la costa central del Perú: bases para un programa de manejo” (2007)
• “Desertificación y Biodiversidad: Importancia de los oasis para la conservación en el desierto de Ica” (2007)
• “Comunidades vegetales sobre suelos crioturbados en los Andes centrales (Ancash) del Perú” (2006)
• “Impacto del incendio sobre la biota del rodal de Puya raimondii del Parque Nacional Huascarán, Ancash” (2006)
• “Factores determinantes de la diversidad biológica en las Lomas del extremo sur del departamento de Lima” (2005)
• “Flora, vegetación, biología y ecología de especies promisorias del Callejón de Conchucos (Ancash)- sector norte” (2005)
• “Factores determinantes de la diversidad biológica en las Lomas del extremo sur del departamento de Lima” (2005)
• “Biología reproductiva: rol de las aves asociadas y regeneración de plantas de Puya raimondii en el Parque Nacional de Huascarán” (2005)
• “Evaluación de la biología reproductiva de Puya raimondi y aves asociadas en el Parque Nacional de Huascarán. Parte II” (2004)
• “Evaluación rápida de la diversidad biológica de las lomas de Lima” (2004)
• “Evaluación rápida de la diversidad biológica de las lomas de Lima” (2003)
• “Comunidades de aves de la sierra del departamento de La Libertad” (2003)
• “Biogeografía Insular y Conservación de las Lomas de Lima” (2003)
• “Evaluación de la avifauna del Lago Junín” (2002)
• “Indicadores Biológicos del Impacto de Actividades Humanas sobre las Lomas del Perú Central” (2002)
• “Diversidad Florística y endemismos en las cordilleras Blanca y Negra (Ancash), sector medio” (2001)
• “Influencia del microhábitat en la dieta de la perdiz serrana Nothoprocta pentlantii en las lomas de Lachay” (2001)
• “Estrategias de la Vegetación de las Lomas del Perú Central en Respuesta a los Cambios Inducidos por el Ciclo de Oscilación Sureña El Niño – La Niña” (2001)
• “Estrategias Ecológicas de la Vegetación de las Lomas del Perú Central y Principales Factores que Determinan su Composición y Abundancia” (2001)
• “Evaluación del estado actual de la diversidad de moluscos y plantas de las lomas del departamento de Lima: Conocimiento base para su conservación y uso sostenido” (2000)
• “Rol de la población de la perdiz serrana Nothoprocta pentlantii en las lomas del departamento de Lima” (2000)
• “Biología y Ecología de la perdiz serrana Nothoprocta pentlantii en las lomas de Lachay” (1999)
• “Regeneración en los bosques nublados secos de Piura y Cajamarca” (1998)
• “Ecología de los bosques nublados secos de Piura y Cajamarca” (1997)
• "Microrefugios en los Bosques Nublados Secos del Perú Central" (1996)
• ”Patrones de Endemismo de las aves del Perú Occidental" (1995)
• "Estacionalidad de la Avifauna del Bosque de Zárate" (1993)
• "Dispersión de semillas en el Bosque de Zárate, Lima" (1992)