Dentro de los invertebrados destacan dos grupos: Los moluscos, son animales de cuerpo blando que pueden presentar concha y los crustáceos que son organismos (cangrejos y camarones) que poseen exoesqueleto y presentan diversidad de formas corporales.

Este departamento está orientado al estudio integral de la biodiversidad de moluscos y crustáceos, preservando la colección científica más representativa de nuestro país. Abarca moluscos de diferentes hábitats y custodia cerca 10000 muestras.

Parte de la colección es producto de emblemáticos naturalistas como Antonio Raimondi, Wolfang Weyrauch, Enrique del Solar, los Dres. Koepcke, Pedro Hocking así como del eminente malacólogo Dr. Ángel Flórez.

Se vienen desarrollando diferentes proyectos de investigación y trabajos de tesis enfocados a estudios taxonómicos, evolutivos, filogenéticos y biogeográficos. El trabajo se inicia en las colectas de campo, preservación y almacenamiento de los especimenes para su posterior revisión. Esto involucra desde clásicos análisis, hasta los más modernos análisis moleculares. Estos estudios son base para diversos estudios aplicados como procesos ecológicos, actividades del hombre y salud pública.