El departamento de Ficología se encarga de colectar, analizar e investigar las algas de origen Marino y Continental del Perú.

A su vez se encarga de la curaduría de la colección Ficológica del Herbario San Marcos.

Los principales temas de investigación están relacionados con la taxonomía, sistemática,distribución y usos de las algas.

El departamento fue dirigido por la profesora Caleen Távara Huere con la colaboración del Profesor Emérito de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos el Dr. Cesar Acleto Osorio.