El DEBE fue creado en 1986, contando en la actualidad con dos laboratorios Lab. Etnobotánica y Lab. de Arqueobotanica.

Laboratorio de Etnobotánica
Se dedica a investigar las especies de la flora en el contexto de la cultura tradicional peruana, ya que como país megadiverso y megacultural, posee conocimientos ancestrales de usos y clasificación de plantas que aportan al desarrollo del país.

La colección Etnobotánica
Fue iniciada en 1990. Cuenta con especímenes herborizados (10,000), y partes de plantas conservadas en otros medios, con el objetivo de mantener la forma original de las muestras y manufacturas.

Laboratorio de Arqueobotánica
Se creó en 2005, como un espacio de investigación dedicado al estudio y análisis del material botánico recuperado de contextos arqueológicos, siendo, el objeto de estudio los restos de origen botánico y el objeto de conocimiento el uso social de las plantas en el pasado.