El departamento trabaja con las familias Arecaceae (palmeras) y Orchidaceae (orquídeas) en el Perú. Su distribución, ecología y taxonomía son los temas más desarrollados, valiéndose de herramientas como el estudio morfológico y anatómico. Respecto a las palmeras se calculan que hay 550 en América, siendo Perú uno de los países con mayor diversidad. Actualmente con el proyecto internacional, “Impacto de Cosecha de Palmeras en Bosques Tropicales“, se están estudiando especies claves, algunas de ellas con potencial para el desarrollo sostenible de nuestro país. La familia Orchidaceae es una de las más diversas de la flora peruana, se calculan en Perú entre 3000 y 4000 especies, muchas aún no descubiertas. Algunas orquídeas se encuentran en peligro debido al comercio ilegal y al desarrollo desordenado. Es por ello que el Departamento ha asumido el reto de estudiarlas y dar a conocer su importancia para su conservación. Por ello diferentes proyectos de investigación se realizan actualmente como parte del Herbario USM. para aportar sobre el conocimiento de estas plantas.