El Departamento de Ornitología tuvo su origen en la colección que reunía a todos los ejemplares zoológicos y se encontraba en la década de 1940 a cargo del conservador del Museo de Historia Natural César A. Ridoutt. La creciente Colección de Zoología se disgrega quedando la Sección de Aves y Mamíferos a cargo de Javier Ortiz de La Puente entre 1947 y 1952. En este año, asume la dirección de esta Sección la investigadora alemana Dra. María Koepcke, hasta su fallecimiento en 1971. Su trabajo es continuado por el Dr. Hernando De Macedo en las décadas de 1970-1980, época en que se separan las colecciones de aves y mamíferos ya en rápido crecimiento creándose el Departamento de Ornitología, actualmente dirigido por la Dra. Irma Franke. Desde junio de 2001 cuenta con un nuevo local.