La Colección de Mamíferos del Museo de Historia Natural, se inició gracias al interés de los primeros peruanos interesados en su estudio científico, siendo algunos de ellos, Enrique Zuñiga, probablemente el primer peruano formalmente interesado en el estudio de la mastozoología, y Javier Ortiz de la Puente, quien escribió una monografía sobre los murciélagos del Departamento de Lima; éste último ayudó a establecer, a inicios de 1950 lo que sería la primera Colección Científica de Mamíferos en el Perú. Esta importante labor sería continuada luego por los doctores Maria y Hans-Wilhelm Koepcke. Posteriormente, el Dr. Hernando de Macedo, es quien comienza a darle su forma actual al Departamento de Mastozoología, adquiriendo sus primeros muebles y gestionando la donación de especímenes por investigadores extranjeros.

Desde 1990, el Departamento de Mastozoología se encuentra bajo la responsabilidad del profesor Víctor Pacheco, Ph.D. Durante su gestión, la Colección Científica se ha desarrollado hasta ser, con más de 40,000 ejemplares, la más grande del país y una de las más grandes de Sudamérica. El Departamento de Mastozoología es un centro de formación de mastozoólogos donde estudiantes de pre y posgrado se especializan en el área y es también generador de nuevos conocimientos a través de publicaciones, tesis y desarrollo de proyectos (ver los rubros respectivos).