El Departamento de Ictiología del Museo de Historia Natural se inicia oficialmente como una sección dedicada a los Peces de Aguas Continentales del Perú en 1982, basada en amplias colectas realizadas por el profesor Hernán Ortega en la cuenca del río Ucayali desde 1971. Desde entonces, muchos investigadores nacionales e internacionales han visitado la colección de peces, y se ha promovido que diversos estudiantes realicen sus tesis de bachiller, licenciatura e investigaciones de post-grado con ejemplares de nuestra colección.

La colección de peces del MHN fue iniciada por el Dr. Hans Willhem Koepcke en 1949, otorgándose mayor importancia a los peces marinos de consumo, luego fue continuada en parte, por el Dr. Wenceslao Medina con énfasis en especies marinas.

Actualmente, el Departamento de Ictiología está bajo la responsabilidad del profesor Hernán Ortega, se viene impulsando el desarrollo de la Colección Ictiológica (MUSM), la que comprende alrededor de medio millón de especímenes, destacándose como la más grande del Perú y una de las más importantes entre los países sudamericanos.