El Departamento de Helmintología del Museo de Historia Natural de la UNMSM inició sus labores en 1962, bajo la nominación de Departamento de Helmintología. La Dra. Luz Sarmiento Bendezú, organizó la Colección Helmintológica con material proveniente de las prácticas de Zoología Sistemática de la entonces Escuela de Ciencias Biológicas y de las primeras expediciones para estudios de diversidad de flora y fauna peruana. Los principales colaboradores que trabajaron en el Departamento fueron el Dr. Luis Gonzales Mugaburu, Dra. Bertha Parra, Dra. Bertha Llanos, Dra. Norma Uyema, Dr. Julio Gonzales, Dr. Raúl Verano, Blga. Elizabeth Morales quien en 1992 asume la Jefatura del Departamento al retirarse la Dra Sarmiento de la Universidad de San Marcos.

En 1995 el nombre del Departamento se cambió por el de Protozoología, Helmintología e Invertebrados Afines con el objetivo de incluir un mayor número de organismos a estudiar, e iniciar colecciones representativas de estos grupos en el Perú. En 1998 se inicia la Colección de Invertebrados Relacionados. A partir de esta fecha la Colección toma el nombre de Colección Helmintológica y de Invertebrados Relacionados. En el 2002 la Blga. Lidia Sánchez asume la responsabilidad del Departamento.