La Colección Científica de Helmintos e Invertebrados Relacionados es la más importante que posee el Perú, 3138 ingresos depositados en lotes (viales conteniendo organismos preservados en alcohol de 70º) y en láminas de montaje permanente.

La Colección incluye protozoarios, platelmintos (turbelarios, monogenea, digenea, cestoda), nematodos, acantocéfalos, nematomorpha, rotíferos, anélidos y crustáceos parásitos (copépodos, isópodos, branchiura) pentastómidos, briozoa, cnidaria y celenterados. Los parásitos han sido colectados de animales domésticos, silvestres, además de los parásitos del hombre. Es importante porque su mantenimiento permite preservar la diversidad de helmintos peruanos y sirve de consulta para nacionales y extranjeros.

La Colección se encuentra catalogada en una base de datos, con una completa información de los organismos registrados, hospederos, localización, procedencia y referencias bibliográficas. Los ingresos de material a la Colección se mantienen por el aporte de los Investigadores nacionales, así como investigadores extranjeros que vienen realizando trabajos de investigación en el Perú.