En los últimos años se han realizado inventarios florísticos en varias localidades pertenecientes a los departamentos de Ancash, Cajamarca, Pasco; Junín, Lima, y otras exploraciones botánicas principalmente al sur del país, estos estudios se han realizado principalmente en las Ecorregiones de Puna y Bosque Montano, Muchas de estas exploraciones se han llevado a cabo con apoyo del proyecto “Andean Mosses” del Missouri Botanical Garden de los Estados Unidos.

Entre los proyectos en curso del Departamento está la actualización del Listado de Briófitos peruanos.

La colección de pteridófitos de USM constituye una de las más grandes del país, por ello fue partícipe de la elaboración de la flora pteridológica peruana (Tryon, Stolze y colaboradores 1989—1994). Dado que la mayor riqueza de estas plantas se encuentra en los bosques húmedos montanos, las exploraciones vinculadas a pteridófitos enfatizan la vertiente oriental peruana. Dos proyectos en marcha están asociados a esta colección: a) la actualización de la flora pteridofítica peruana, en cuanto a taxonomía, así como en el incremento de la representación de la flora en la colección de USM, y b) el estudio de los helechos de la vertiente occidental andina como parte del entendimiento de patrones de diversidad en la flora del país.