La Colección Científica mantiene especímenes de mamíferos representativos de todo el Perú, los cuales pueden ser estudiados por investigadores nacionales y extranjeros. Los especímenes son en sí documentos originales de la diversidad del planeta y de la riqueza biológica del país, por lo que ameritan la máxima prioridad por parte de nuestra institución.
La Colección Científica de Mamíferos del Museo de Historia Natural, alberga actualmente más de 40,000 ejemplares preservados como pieles, esqueletos parciales o completos, o cuerpos completos preservados en alcohol, y es, además, una de las cinco más grandes de Sudamérica. Los especímenes se encuentran ordenados sistemáticamente y catalogados en una base de datos (FileMaker Pro), con una extensa información asociada a cada ejemplar, tal como número de catálogo (MUSM), identificación taxonómica (orden, género y especie), sexo, localidad (país, departamento, localidad específica y coordenadas geográficas), naturaleza, ancilarios, fecha de colecta, colector y número de colector. Además también se cuenta con la colección MUSM2 que incluye registros confiables de mamíferos basados en fotografías, avistamientos, etc.
Los especímenes de la colección han servido para la descripción de numerosas especies nuevas, cuyos holotipos se encuentran en nuestra colección o en otras del extranjero. La colección MUSM alberga dieciseis de estos holotipos: 6 roedores, 1 delfín, 1 musaraña, 5 murciélagos y 3 marsupiales. Actualmente existen otros grupos en revisión, lo que resultará en más holotipos e incremento de la diversidad de mamíferos.
Los dieciseis holotipos son:
Cryptotis peruviensis Vivar, Pacheco y Valqui, 1997 Holotipo: MUSM 8373.